El Museo Histórico de San Miguel de Allende fue inaugurado en febrero de 1990. El  inmueble fue la casa familiar de Ignacio de Allende, la cual adquirió el gobierno del estado de Guanajuato a los últimos dueños que la habitaron hasta 1979.

Dicha reestructuración se efectúo para cumplir con cuatro objetivos principales:

1.     Devolver su belleza y dimensiones originales al inmueble.
2.     Dotar al museo de un discurso académico sólido y un guión museográfico actualizado, vinculado a la vida de Ignacio de Allende, y a su papel protagónico en el inicio de la lucha armada. Además, reconocer la  importancia de San Miguel el Grande, como centro industrial y comercial del Bajío, y como cuna ideológica de la independencia.
3.     Definir los ejes museológicos y lineamientos operativos del recinto.
4.     Desarrollar sus programas de comunicación educativa y de difusión.

Una vez que fue reinaugurado el Museo Histórico de San  Miguel de Allende, trabajos similares se extenderán a otros museos del estado de Guanajuato, que forman parte de la Ruta del Bicentenario de la Independencia. Así, serán reestructurados también:

1.     Museo Casa de Hidalgo “La Francia Chiquita”, en San Felipe.
2.     Museo Casa de Hidalgo (Curato de Dolores), en Dolores Hidalgo.
3.     Museo Regional de Guanajuato Alhóndiga de Granaditas.